分子筛是一种人工组成的、具有微孔型立方晶格的硅铝酸盐。根据其晶体内部孔穴的巨细而吸附或排挤分歧物质的分子，因此被称为"分子筛"。分子直径小于分子筛晶体孔穴直径的物质可以进入分子筛晶体，然后被吸附，不然，被排挤。分子筛还依据分歧物质分子的极性决议优先吸附的次第。按分子的巨细和外形分歧的选择吸附效果，即只吸附那些小于分子筛孔径的分子。具有多孔的凝胶就是分子筛。各类分子筛的孔隙巨细散布有必然局限，有最大极限和最小极限。分子直径比凝胶最大孔隙直径大的，就会悉数被排阻在凝胶颗粒之外，这种状况叫全排阻。两种全排阻的分子即便巨细分歧，也不克不及有别离结果。直径比凝胶最小孔直径小的分子能进入凝胶的悉数孔隙。假如两种分子都能悉数进入凝胶孔隙，即便它们的巨细有差异，也不会有好的别离结果。因而，必然的分子筛有它必然的运用局限。

凝胶色谱中一是分子很小，能进入分子筛悉数的内孔隙；二是分子很大，完全不克不及进入凝胶的任何内孔隙；三是分子巨细适中，能进入凝胶的内孔隙中孔径巨细响应的局部。大、中、小三类分子彼此间较易分隔，但每种凝胶别离局限之外的分子，在不改动凝胶品种的状况下是很难别离的。关于分子巨细分歧，但同属于凝胶别离局限内各类分子，在凝胶床中的散布状况是分歧的：分子较大的只能进入孔径较大的那一局部凝胶孔隙内，而分子较小的可进入较多的凝胶颗粒内，如许分子较大的在凝胶床内挪动间隔较短，分子较小的挪动间隔较长。于是分子较大的先经过凝胶床而分子较小的后经过凝胶床，如许就应用分子筛可将分子量分歧的物质别离。