分子筛极易吸湿，所以保存时不应直接暴露在空气中，应放置于干燥处。存放时间较长的并已经吸潮的分子筛，在使用前应进行再生。

分子筛忌油及液态的水。油能堵塞分子筛的孔穴。特别是再生时，有可能使油份碳化，造成孔穴的堵塞。对含有油份的气体，应先将油气，油水分离后，再进行分子筛塔。由于分子筛在吸附水分时的热量放出，液态水直接与分子筛接触会有大量的热放出。可能发生危险，或破坏分子筛的性能。

带压工作的分子筛塔在进行再生切换时，应缓慢地将塔的内压降下来，如降压速度太快，可能导致分子筛颗粒破碎粉化。再生温度越高，则再生越安全，但同时再生的能量消耗也越大，且分子筛的寿命也可能因此而缩短。因此再生温度在200-350°C间较适宜。再生温度一般不应超过600°C，否则分子筛可能丧失活性。